את ספר יחזקאל לא פירש שד"ל עד סופו, אלא רק ל"ב מתוך מ"ח פרקיו. מתוך כתבי היד שבידינו, וכן מדפוס לעמברג (ראה במבוא לנ"ך, בראש ספר ישעיהו), נראה שאכן לא סיים שד"ל את הפירוש לכל הספר. יתרה מכך, מהתאריכים שבנספח ב, נראה שרק בשנותיו האחרונות נפנה שד"ל לעסוק ביחזקאל בצורה אינטנסיבית יותר. להוציא תאריך אחד מוקדם, כל שאר התאריכים הם מחמש שנותיו האחרונות של שד"ל. עם זאת, מרשימת התלמידים (שבנספח א') אנחנו למדים ששד"ל לימד את יחזקאל לאורך כל מחזורי בית המדרש.
בספר יחזקאל יש הרבה פסוקים סתומים. פרשיות סתומות. הפרשנים המסורתיים מנסים איש איש בדרכו, להסביר את הפסוקים. שד"ל מנסה תמיד לפלס דרך משלו לפענח את הנסתרות. אך תמיד הוא יציג קודם את דעת קודמיו, ורק לאחר שההסבר לא מתיישב על דעתו, הוא מציע הסבר משל עצמו.
דוגמא יפה לכך בפרק כ"א ט"ו: "הרי זה מן המקראות היותר סתומים שבמקרא", כותב שד"ל. ובהמשך, "הם מן המקראות שאבדו עשתונות המפרשים והמבארים לחתור אל המכוון במאמר. ובכל הדחקים אשר נלחצו ונדחקו לישבו, נשאר הפסוק זר כאשר היה. כסהו ענן וערפל וחשכה גדולה נופלת עליו וימש חשך". ומיד הוא מציע את פירושו: "ובלי שאאריך להביא דעות המפרשים, אחוֶה דֵעי ואומַר..". (עיין שם).
הרוצה ללמוד את שיטתו של שד"ל בפירוש הפסוקים בקליפת אגוז. ילמד את פסוק י"ב שבפרק ג'. זה הוא אחד הפסוקים הידועים ביותר ביחזקאל: 'ותשאני רוח, ואשמע אחרי קול רעש גדול, ברוך כבוד ה' ממקומו'. אחרי סקירת כל הפרשנים- ורוז' הביא, ורד"ק אמר, ודון יצחק פירש- אומר שד"ל 'וכמה רחוקים ודחוקים הפירושים האלה!'. והוא ממשיך 'ורמב"ם במורה ח"א פרק ח' פירש.. ואין שום חצי ראיה שתהיה..'. ורק אחרי שדחה את כל הפירושים ה"רגילים" הוא מביא את פירושו, המקורי והייחודי, המבוסס על 'וזה מפני שהכ"ף והמ"ם קרובות מאד במכתב שומרוני שהוא העברי הקדמון אשר בו כתבו הנביאים את ספריהם'. ולא אקלקל (ספוילר בלע"ז) להציג את גופו של הפירוש, על מנת שהמעיין יכיר שם את הפירוש כולו.
יחזקאל, הנביא שחי בגלות, עשה את רוב חייו על נהר כבר שבבבל, משם הוא מנבא את שיבת ציון, לא רק של דורו, אלא גם את שיבת ציון לעתיד לבוא. שד"ל חי בדור שלפני מבשרי הציונות הראשונים. לכן כה חבל שאין בידנו את פירושו לחזון העצמות היבשות ולכל הפרקים האחרונים של יחזקאל, העוסקים בשיבת ישראל לאדמתו. עיון במכתבים שכתב (למשל לא. כהן בפריז, אשר נשלח ע"י מונטיפיורי לארץ ישראל), מראים את יחסו החם למצוות יישוב ארץ ישראל בכלל, ועבודת הקרקע בפרט. "צריך שארץ ישראל תיעבד ותנוצל בהדרגה בידי יהודים, ותגיע לשגשוג בזכות מוצרי חקלאות ואמנות, כפי שהיה בימי קדם" (1854). כמעט המשך לנבואתו של יחזקאל:
וְלָקַחְתִּי אֶתְכֶם מִן הַגּוֹיִם, וְקִבַּצְתִּי אֶתְכֶם מִכָּל הָאֲרָצוֹת, וְהֵבֵאתִי אֶתְכֶם אֶל אַדְמַתְכֶם, וִישַׁבְתֶּם בָּאָרֶץ, אֲשֶׁר נָתַתִּי לַאֲבֹתֵיכֶם, וִהְיִיתֶם לִי לְעָם, וְאָנֹכִי אֶהְיֶה לָכֶם לֵאלֹהִים. וְקָרָאתִי אֶל הַדָּגָן וְהִרְבֵּיתִי אֹתוֹ, וְלֹא אֶתֵּן עֲלֵיכֶם רָעָב. וְהִרְבֵּיתִי אֶת פְּרִי הָעֵץ, וּתְנוּבַת הַשָּׂדֶה.. לְמַעַן, אֲשֶׁר לֹא תִקְחוּ עוֹד חֶרְפַּת רָעָב בַּגּוֹיִם.
יונתן בשיא
תשרי תשע"ט